Lintulan naisyhteisön toiminta alkoi virallisesti vuonna 1895, kun Suomen arkkipiispa Antoni vihki käyttöön Pyhän Kolminaisuuden kirkon. Uusi yhteisö sai hengellistä tukea pyhältä Johannes Kronstadtilaiselta, joka vieraili Lintulassa kahdesti vuosina 1895–96. Hän rohkaisi puutteellisissa oloissa eläviä sisaria ja vakuutti, että aikanaan heillä tulisi olemaan hyvin järjestetty luostariyhteisö.

Neronovien lisäksi Lintulan yhteisö sai lahjoituksia myös muilta yksityishenkilöiltä. Siperialainen kultakaivosmiljonääri Innokenti Sibirjakov teki yhteisölle huomattavan maalahjoituksen vuonna 1896.

Sisaristo sai elantonsa lypsykarjanhoidosta sekä puutarhatuotteiden ja metsän myynnistä. Suuren osan tilan töistä he tekivät itse. Yhteisön toiminta vakiintui, ja vuonna 1905 se sai virallisesti luostarin aseman. Vuonna 1911 Lintulaan perustettiin orpokoti ja koulu, joiden toiminta jatkui 1920-luvulle saakka. Sisariston määrä nousi vähitellen lähes 70:een.

Pitkänperjantain yönä vuonna 1916 luostarin kirkko tuhoutui tulipalossa. Kolmen vuoden ajan jumalanpalvelukset toimitettiin lastenkotirakennuksessa olleessa kotikirkossa, joka oli omistettu pyhille Vladimirille ja Sofialle.

Venäjän vallankumous ja Suomen itsenäistyminen vuonna 1917 muutti luostarin elämän. Raja Venäjälle sulkeutui. Samalla ehtyivät Venäjältä tulleet lahjoitukset ja taloudellinen tuki. Vuoden 1918 kansalaissota vaikeutti tilannetta entisestään. Sisariston elämä oli äärimmäisen niukka. Luostari sai kuitenkin uuden hyväntekijän, ruhtinas Ivan Nikolajevitsh Saltykoffin, joka rakennutti uuden kirkon palaneen tilalle. Kirkko valmistui ja vihittiin käyttöön vuonna 1919.

Itsenäisessä Suomessa sisarten määrä väheni nopeasti. Luostari pyrki turvaamaan toimeentulonsa kehittämällä maataloutta ja palkkaamalla lisää työvoimaa. Orpokodin ja koulun toiminta lakkautettiin. Vapautunut rakennus muutettiin vierasmajaksi, jossa myytiin myös pieniä muistoesineitä. Matkailutulot jäivät kuitenkin vielä pieniksi. Suomen ortodoksisten seurakuntien tavoin Lintulan luostari siirtyi vuonna 1923 Konstantinopolin patriarkaatin alaisuuteen. Luostarin elämä vakiintui vähitellen ja sisarison määrä nousi 40:een. Edessä oleva sota katkaisi kuitenkin luostarin myönteisen kehityksen.