Lintulan luostari evakuoitiin lokakuun 1939 aikana useassa erässä. Seuraavan talvikauden ja kevään aikana he olivat kolmessa eri paikassa, kunnes kesällä 1940 saivat vakituisemman sijoituspaikan Tampereen läheltä  Kuhmalahdelta Puntarin kylästä. Noin kuuden vuoden ajan Lintulan sisaristo ja rippi-isä Illirik asuivat maalaistalon sivurakennuksessa ja työskentelivät isäntäväen apuna sekä muiden kyläläisten taloissa. He tekivät myös käsitöitä ja pitivät tavanmukaiset jumalanpalvelukset asuintalonsa salissa.

Välirauhan aikana osa sisarista kävi tutustumassa tilanteeseen vanhassa Lintulassa. Sotatoimissa oli tuhoutunut suurin osa luostarin rakennuksista. Vain kookas hirsinen päärakennus oli asuinkunnossa. Siellä majoitettiin sotilaita. Tämä rakennus on säilynyt meidän päiviimme asti, vasta vuonna 2008 se purettiin. Kirkosta oli jäljellä vain kivijalka. Se on jäljellä vieläkin muistuttamassa Lintulan vanhasta luostarista. Jatkosodan alettua 1944 kävi selväksi, ettei Lintulan sisarilla ollut mahdollisuutta palata vanhaan luostariin.

Sisaristo alkoi etsiä uutta pysyvää luostaripaikkaa sisä-Suomen puolelta. Lopulta päädyttiin ratkaisemaan asia arpomalla kahden tarjolla olleen maatilan välillä. Sisaristo toimitti yhdessä rippi-isän kanssa akatistos-palveluksen Jumalanäidin Jerusalemilaisen ikonin edessä, jonka he olivat ottaneet mukaansa vanhasta Lintulasta. Jumalanpalveluksen jälkeen nostettiin arpa, joka osoitti Palokkia, nykyistä sijoituspaikkaa.