Luostarin pyhiinvaeltajat ja ystävät alkoivat vuosien mittaan kiinnittää huomiota sisariston raskaaseen ja niukkaan elämään vanhassa rakennuksessa. Sisaret asuivat ahtaasti ja rakennuksen kunto alkoi heiketä. Ortodoksisen kirkon kirkolliskokoukselle tehtiin aloitteita sisariston uuden asuntolan ja kirkon rakentamiseksi. Pian alkoi myös kansalaiskeräys rahoituksen saamiseksi. Keräyksen alkuunpanijana toimi Joensuun ortodoksinen mieskuoro.
Uusi asuntola valmistui vuonna 1966 koivukujan toiseen päähän. Rahankeräystä jatkettiin kirkon rakentamiseksi. Vuonna 1967 perustettiin Lintulan luostarin ystävät ry, joka on toiminut aloitteellisesti sekä kirkon että myöhempien rakennushankkeiden toteuttamiseksi.
Vuonna 1973 valmistui nykyinen kirkko, joka on edeltäjiensä tapaan pyhitetty Pyhälle Kolminaisuudelle. Kirkon vihkimisen toimittivat arkkipiispa Paavali (k. 1988) sekä metropoliitta Johannes (myöhemmin arkkipiispa; k. 2010). 1988 valmistui kynttilätehdasrakennus, jonka yläkerrassa toimii matkamuistomyymälä. Samana vuonna valmistui kirkon viereen sali ja kaksi vierashuonetta. Vuonna 1993 valmistui lisäsiipi sisariston asuntolaan.
Sisariston määrä supistui kahtena ensimmäisenä vuosikymmenenä huomattavasti. Iäkkäät sisaret, jotka olivat muuttaneet vanhasta Lintulasta haudattiin Uuden Valamon hautausmaahan. Pienimmillään sisaristo oli 1970-luvulla jo alle kymmenen. Igumenia Mihailan terveyden heikennyttyä valittiin uudeksi johtajaksi vuonna 1974 igumenia Antonina.
1970-luvulla alkoi matkailu lisääntyä molemmissa luostareissa. Matkailupalvelut laajenivat ja alkoivat tuottaa enemmän tuloa sisaristolle. Myös kynttiläntuotanto kasvoi ja siitä tuli vähitellen sisariston keskeinen tulolähde talvikaudella. Maataloutta jatkettiin kuitenkin edelleen, mutta lehmäkarja vaihdettiin lampaisiin, jotka tulivat toimeen vähemmällä hoidolla. Lampaiden villaa ja nahkoja myytiin pitkään matkailijoille.
1980-luvulla alkoi kuitenkin tulla uusia suomalaisia sisaria luostariin. Vuonna 1981 nimitettiin Lintulaan uusi rippi-isä Herman, joka alkoi toimittaa jumalanpalvelukset enimmäkseen suomen kielellä. Hänen edeltäjänsä pappismunkki Savva oli myös suomenkielen taitoinen karjalaista syntyperää, mutta koska vanhan Lintulan sisaristo oli enimmäkseen venäjänkielistä, toimitettiin palveluksetkin silloin slaaviksi.
Rakentaminen jatkui, seuraavaksi valmistui luostarin hautausmaa vuonna 1994 ja siihen Jumalanäidin Jerusalemilaisen ikonin tsasouna 1995. Pian sen jälkeen pystytettiin luontopolun varrelle Koskijärven rantaan pieni pyhittäjämarttyyri Paraskevalle omistettu tsasouna 1999. Luostarissa on edelleen uudisrakentamisen tarvetta, varsinkin työtiloja ja varastotilaa tarvittaisiin lisää. Myös vanha navettarakennus pitäisi remontoida uuteen käyttöön, sillä kotieläinten pito on lopetettu 2000-luvun alussa.
1990-luvulla sisariston lukumäärä pysyi yli kymmenessä, uusia suomalaisia sisaria tuli luostariin. Igumenia Antoninan sairauden vuoksi uudeksi luostarin johtajaksi nimitettiin vuonna 1990 nunna Marina, joka toimi matkamuistomyymälän hoitajana sekä kuoron johtajana. Hänen aikanaan on Lintulassa vakiintunut suomenkielinen kirkkolaulu. Hänet vihittiin igumeniaksi kesällä 1998 edellisen igumenian, Antoninan, kuoltua talvella 1998. Sisariston määrä on tällä hetkellä 11. Igumenia Marinan kuoltua kesällä 2012 uudeksi igumeniaksi valittiin nunna Mikaela syksyllä 2012.
